Цель

uzspbgmu

Учёные записки Первого Санкт-Петербургского государственного медицинского университета имени академика И. П. Павлова

The Scientific Notes of the Pavlov University

1607-41812541-8807

Academician I.P. Pavlov First St. Petersburg State Medical University

10.24884/1607-4181-2023-30-2-77-87

uzspbgmu-981

Research Article

ОБЗОРЫ И ЛЕКЦИИ

REVIEWS AND LECTURES

Ассоциация мутации в гене RUNX1 с исходом заболевания при остром миелоидном лейкозе (мета-анализ)

Association of a mutation in the RUNX1 gene with the outcome of the disease in acute myeloid leukemia (meta-analysis)

https://orcid.org/0000-0002-4770-4932

Никонорова

М. Л.

Nikonorova

M. L.

Никонорова Маргарита Леонидовна, кандидат педагогических наук, доцент кафедры физики, математики и информатики

197022, Россия, Санкт-Петербург, ул. Льва Толстого, д. 6-8

Nikonorova Margarita L., Dr. of Sci. (Pedagogic), Associate Professor of the Department of Physics, Mathematics and Informatics

6-8, L’va Tolstogo str., Saint Petersburg, 197022

nikml@yandex.ru

https://orcid.org/0000-0003-0434-0742

Кац

Л. К.

Kats

L. K.

Кац Леонид Кириллович, студент 3 курса лечебного факультета, лаборант кафедры физики, математики и информатики

Санкт-Петербург

Kats Leonid K., 3nd year Student, Laboratory Assistant of the Department of Physics, Mathematics and Informatics

Saint Petersburg

leonidkats2003@mail.ru

Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И. П. Павлова» Министерства здравоохранения Российской ФедерацииРоссияPavlov UniversityRussian Federation

2023

02082023

3027787

2023

Никонорова М.Л., Кац Л.К.

Nikonorova M.L., Kats L.K.

Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.

This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.

https://www.sci-notes.ru/jour/article/view/981

В статье обобщены данные систематического обзора научных публикаций по острому миелоидному лейкозу за последние 10 лет.

Цель

Цель. Провести мета-анализ данных, опубликованных в открытой печати, для исследования характера ассоциации мутаций в гене RUNX1 с исходом острого миелоидного лейкоза.

Методы и материалы

Методы и материалы. Поиск публикаций проведен на библиотечных платформах eLibrary.ru, Google Академия, PubMed, Web of Sсience согласно критериям PRISMA 2020. Отбор исследований проводился с помощью онлайн-программы Rayyan. Мета-анализ выполнялся на основе прикладного пакета RStudio. Основные характеристики в исследованиях отражались общей выживаемостью, выживаемостью без заболеваний, отношением рисков и оценивались стандартизированным размером эффекта. Величина эффекта основывалась на разнице между показателями наблюдаемых пациентов и пациентов с мутациями в гене RUNX1. Фильтрация выбросов проводилась на основе объединенного доверительного интервала. Предвзятость публикаций оценивалась визуально и количественно.

Результаты

Результаты. При поиске выявлено 579 публикаций, 10 включены в мета-анализ, общая выборка составила 2733 пациентов. Результаты статистических тестов по Q-критерию Кохрена (p-значение<0,0001) и критерию Хиггенса–> Томпсона (92 %) говорят о высокой гетерогенности включенных публикаций. Дисперсия гетерогенности вместе с 95 %ДИ (0,177; 1,528) подтверждает неоднородность результатов исследований. Объединенный 95 %ДИ (–0,47; 2,90) не позволяет утверждать, что мутации в гене RUNX1 всегда приводят к неблагоприятному прогнозу. Регрессионный тест Эггера (p-значение>0,098) показал отсутствие предвзятости публикаций.

Выводы

Выводы. Результаты исследования выявили статистическую связь влияния мутаций гена RUNX1 на исход заболевания.

The article summarizes the data of a systematic review of scientific publications on acute myeloid leukemia over the past 10 years.

The objective was to conduct a meta-analysis of the data published in the open press to investigate the nature of the association of mutations in the RUNX1 gene with the outcome of acute myeloid leukemia.

Methods and materials

Methods and materials. The search for publications was carried on library platforms eLibrary.ru, Google Academy, PubMed, Web of Science according to the criteria PRISMA 2020. The selection of studies was carried out using the Rayyan online program. The meta-analysis was performed on the basis of the RStudio application package. The main characteristics in the studies were reflected in overall survival, relapse-free survival, hazard ratio and were assessed by a standardized effect size. The magnitude of the effect was based on the difference between the observed patients and patients with mutations in the RUNX1 gene. The outliers filtering based on the combines confidence interval. The bias of publications was assessed visually and quantitatively.

Results

Results. The search identified 579 publications, 10 were included in the meta-analysis, the total sample was 2733 patients. The results of statistical tests on the Cochran Q-test (p-value < 0.0001) and the Higgens–Thompson test (92 %) indicate a high heterogeneity of the included publications. The variance of heterogeneity together with the 95 %CI (0.177; 1.528) indicates the heterogeneity of the research results. The combined 95 %CI (0.47; 2.90) does not suggest that mutations in the RUNX1 gene always lead to a poor prognosis. Egger’s regression test (p-value > 0.098) showed no publication bias.

Conclusion

Conclusion. The results of the study revealed a statistical relationships between the influence of mutations in the RUNX1 gene and the outcome of the disease.

мета-анализострый миелоидный лейкозмутации RUNX1прогноз

meta-analysisacute myeloid leukemiaRUNX1 mutationsprognosis

Авторы выражают признательность научному руководителю Артему Валерьевичу Тишкову, канд. физ.-мат. наук, зав. кафедрой физики, математики и информатики за значимые замечания и советы при проведении исследования и оформлении статьи. Авторы выражают признательность Ильдару Мунеровичу Бархатову, ведущему научному сотруднику отдела клинической онкологии, заведующему лабораторией трансплантологии и молекулярной гематологии НИИ детской онкологии, гематологии и трансплантологии им. Р. М. Горбачевой за сотрудничество, значимые замечания и советы при подготовке результатов научного исследования к публикации.

The authors would like to express their gratitude to the scientific supervisor Artem V. Tishkov, Ph. D. of Physico-mathematical Sciences, Docent, Head of the Department of Physics, Mathematics and Informatics for significant comments and advices in conducting research and formatting the article. The authors would like to express their gratitude to Ildar M. Barkhatov, leading research fellow of the Department of Clinical Oncology, Head of the Laboratory of Transplantation and Molecular Hematology of the R. M. Gorbacheva Research Institute of Pediatric Oncology, Hematology and Transplantology for cooperation, significant comments and advice in preparing the results of scientific research for publication.

References1

Tuo Z., Zhang Y., Wang X., Dai S., Liu K. et al. RUNX1 is a promising prognostic biomarker and related to immune inﬁltrates of cancer-associated ﬁbroblasts in human cancers // BioMed Central Cancer. – 2022. – Vol. 22, № 1. – P. 523. DOI:10.1186/s12885-022-09632-y.

Yu J., Li Y., Zhang D., Jiang D., Wan, D., Jiang Z. Clinical implications of recurrent gene mutations in acute myeloid leukemia // Experimental Hematolgy & Oncology. – 2020. – Vol. 9, № 1. – P. 4. DOI: 10.1186/s40164-020-00161-7.

Yu J., Li Y., Zhang D., Jiang D., Wan, D., Jiang Z. Clinical implications of recurrent gene mutations in acute myeloid leukemia // Experimental Hematolgy & Oncology. 2020;9(1):4. DOI: 10.1186/s40164-020-00161-7.

Jalili M., Yaghmaie M., Ahmadvand M., Alimoghaddam K., Mousavi S. A. et al. Prognostic value of RUNX1 mutations in AML: a meta-analysis // Asian Paciﬁc Journal of Cancer Prevention. – 2018. – Vol. 19, № 2. – P. 325–329. DOI: 10.22034/APJCP.2018.19.2.325.

Jalili M., Yaghmaie M., Ahmadvand M., Alimoghaddam K., Mousavi S. A. et al. Prognostic value of RUNX1 mutations in AML: a meta-analysis // Asian Paciﬁc Journal of Cancer Prevention. 2018;19(2):325–329. DOI: 10.22034/APJCP.2018.19.2.325.

Tang J. L., Hou H. A., Chen C. Y., Liu C. Y., Chou W. C. et al. AML1/RUNX1 mutations in 470 adult patients with de novo acute myeloid leukemia: prognostic implication and interaction with other gene alterations // Blood. 2009;114(26):5352– 5361. DOI: 10.1182/blood-2009-05-223784.

Tang J. L., Hou H.A., Chen C.Y., Liu C.Y., Chou W. C. et al. AML1/RUNX1 mutations in 470 adult patients with de novo acute myeloid leukemia: prognostic implication and interaction with other gene alterations // Blood. 2009;114(26):5352– 5361. DOI: 10.1182/blood-2009-05-223784.

Greif P. A., Konstandin N. P., Metzeler K. H., Herold T., Pasalic Z. et al. RUNX1 mutations in cytogenetically normal acute myeloid leukemia are associated with poor prognosis and up-regulation of lymphoid genes // Haematologica. 2012;97(12):1909–1915. DOI: 10.3324/haematol.2012.064667.

Greif P. A., Konstandin N. P., Metzeler K. H., Herold. T., Pasalic Z. et al. RUNX1 mutations in cytogenetically normal acute myeloid leukemia are associated with poor prognosis and up-regulation of lymphoid genes // Haematologica. 2012; 97(12):1909–1915. DOI: 10.3324/haematol.2012.064667.

Gaidzik V. I., Bullinger L., Schlenk R. F., Zimmermann A. S., Röck J. et al. RUNX1 mutations in acute myeloid leukemia: results from a comprehensive genetic and clinical analysis from the AML study group // Journal of Clinical Oncology. – 2011. – Vol. 29, № 10. – P. 1364–1372. DOI: 10/1200/jco.2010.30.7926.

Gaidzik V. I., Bullinger L., Schlenk R. F., Zimmermann A. S., Röck J. et al. RUNX1 mutations in acute myeloid leukemia: results from a comprehensive genetic and clinical analysis from the AML study group // Journal of Clinical Oncology. 2011;29(10):1364–1372. DOI: 10/1200/jco.2010.30.7926.

Мотыко Е. В., Блау О. В., Полушкина Л. Б., Мартыненко Л. С., Бакай М. П. и др. Молекулярно-генетический профиль 620 пациентов с острыми миелоидными лейкозами, оценка влияния мутаций на прогноз // Вестник гематологии. – 2021. – Т. 17, № 2. – С. 18–25.

Motyko E. V., Blau O. V., Polushkina L. B., Martynenko L. S., Bakaj M. P. et al. Molecular genetic proﬁle of 620 patients with acute myeloid leukemia, assessment of the im-1. Tuo Z., Zhang Y., Wang X., Dai S., Liu K. et al. RUNX1 is a promising prognostic biomarker and related to immune inﬁltrates of cancer-associated ﬁbroblasts in human cancers // BioMed Central Cancer. 2022;22(1):523. DOI: 10.1186/s12885-022-09632-y.

Кашлакова А. И., Паровичникова Е. Н., Бидерман Б. В., Сидорова Ю. В., Чабаева Ю. А. и др. Определение молекулярно-генетического профиля у взрослых больных острыми миелоидными лейкозами методом секвенирования нового поколения // Гематология и трансфузиология. – 2020. – Т. 65, № 4. – С. 444–459. DOI: 10.35754/0234-5730-2020-65-4-444-459.

Kashlakova A. I., Parovichnikova E. N., Biderman B. V., Sidorova Yu. V., Chabaeva Yu. A. et al. Next-generation sequencing-based molecular genetic proﬁling in adults with acute myeloid leukaemia // Hematology and transfusiology. 2020;65(4):444–459. (In Russ.). DOI: 10.35754/0234-5730-2020-65-4-444-459.

Малыгина О. Г., Макарова А. А., Усынина А. А. Методология систематического обзора на примере выявления связи микробиоты кишечника и неврологического развития ребенка // Современные проблемы науки и образования. – 2022. – Т. 2. – С. 88–88. DOI: 10.17513/spno.31575.

Malygina O. G., Makarova A. A., Usynina A. A. The gut microbiota and infant’s neurodevelopment: an example of systematic review methodology application // Modern problems of science and education. 2022;(2):88–88. (In Russ.). DOI: 10.17513/spno.31575.

Page M. J., Moher D., Bossuyt P. M., Boutron I., Hoffmann T. C. et al. PRISMA 2020 explanation and elaboration: updated guidance and exemplars for reporting systematic reviews // BMJ. – 2021. – Vol. 372. – P. n160. DOI: 10.1136/bmj.n160.

Page M. J., McKenzie J. E., Bossuyt P. M., Boutron I., Hoffmann T. C. et al. The PRISMA 2020 statement: an updated guideline for reporting systematic reviews // BMJ. – 2021. – Vol. 372. – P. n71. DOI: 10.1136/bmj.n71.

Page M. J., McKenzie J. E., Bossuyt P. M., Boutron I., Hoffmann T. C. et al. The PRISMA 2020 statement: an updated guideline for reporting systematic reviews // BMJ. 2021;372:n71. DOI: 10.1136/bmj.n71.

Белоцерковская Е. В., Зайкова Е. К., Петухов А. В., Демидов О. Н., Левчук К. А. и др. Выявление мутаций генов эпигенетической регуляции генома IDH1/2, DNMT3A, ASXL1 и их сочетания с мутациями FLT3, NPM1, RUNX1 у пациентов с острыми миелоидными лейкозами. Клиническая онкогематология // Фундаментальные исследования и клиническая практика. – 2021. – Т. 14, № 1. – С. 13–21. DOI: 10.21320/2500-2139-2021-14-1-13-21

Belocerkovskaja E. V., Zajkova E. K., Petuhov A. V., Demidov O. N., Levchuk K. A. et al. Identiﬁcation of mutations in IDH1/2, DNMT3A, ASXL1 genes of genome epigenetic regulation and their co-occurrence with FLT3, NPM1, RUNX1 mutations in acute myeloid leukemia // Clinical oncohematology. Basic research and clinical practice. 2021; 14(1):13–21. (In Russ.). DOI: 10.21320/2500-2139-2021-14-1-13-21.

Metzeler K. H., Herold T., Rothenberg-Thurley M., Amler S., Sauerland M. C. et al. Spectrum and prognostic relevance of driver gene mutations in acute myeloid leukemia // Blood. – 2016. – Vol. 128, № 5. – P. 686–698. DOI: 10.1182/blood-2016-01-693879.

Metzeler K. H., Herold T., Rothenberg-Thurley M., Amler S., Sauerland M. C. et al. AMLCG Study Group. Spectrum and prognostic relevance of driver gene mutations in acute myeloid leukemia // Blood. 2016;128(5):686–698. DOI: 10.1182/blood-2016-01-693879.

Jahn N., Jahn E., Saadati M., Bullinger L., Larson R. A. et al. Genomic landscape of patients with FLT3-mutated acute myeloid leukemia (AML) treated within the CALGB 10603/ RATIFY trial // Leukemia. – 2022. – Vol. 36, № 9. – P. 2218– 2227. DOI: 10.1038/s41375-022-01650-w.

Jahn N., Jahn E., Saadati M., Bullinger L., Larson R.A. et al. Genomic landscape of patients with FLT3-mutated acute myeloid leukemia (AML) treated within the CALGB 10603/ RATIFY trial // Leukemia. 2022;36(9):2218–2227. DOI: 10.1038/s41375-022-01650-w.

Herold T., Metzeler K. H., Vosberg S., Hartmann L., Röllig C. et al. Isolated trisomy 13 deﬁnes a homogeneous AML subgroup with high frequency of mutations in spliceosome genes and poor prognosis // Blood. – 2014. – Vol. 124, № 8. – P. 1304–1311. DOI: 10.1182/blood-2013-12-540716.

Herold T., Metzeler K. H., Vosberg S., Hartmann L., Röllig C. et al. Isolated trisomy 13 deﬁnes a homogeneous AML subgroup with high frequency of mutations in spliceosome genes and poor prognosis // Blood. 2014;124(8):1304– 1311. DOI: 10.1182/blood-2013-12-540716.

Sakamoto K., Shiba N., Deguchi T., Kiyokawa N., Hashii Y. et al. Negative CD19 expression is associated with inferior relapse-free survival in children with RUNX1-RUNX1T1 – positive acute myeloid leukaemia: results from the Japanese Paediatric Leukaemia/Lymphoma Study Group AML-05 study // British Journal of Haematology. – 2019. – Vol. 187, № 3. – P. 372–376. DOI: 10.1111/bjh.16080.

Cheng Z., Dai Y., Pang Y., Jiao Y., Zhao H. et al. Clinical and biological implications of mutational spectrum in acute myeloid leukemia of FAB subtypes M0 and M1 // Cellular Physiology Biochemistry. – 2018. – Vol. 47, № 5. – P. 1853–1861. DOI: 10.1159/000491065.

Yu J., Li Y., Li T., Li Y., Xing H. et al. Gene mutational analysis by NGS and its clinical signiﬁcance in patients with myelodysplastic syndrome and acute myeloid leukemia // Experimental Hematology & Oncology. – 2020. – Vol. 9. – P. 2. DOI: 10.1186/s40164-019-0158-5.

Venugopal S., DiNardo C. D,. Loghavi S., Qiao W., Ravandi F. et al. Differential prognostic impact of RUNX1 mutations according to frontline therapy in patients with acute myeloid leukemia // American Journal of Hematoogyl. – 2022. – Vol. 97, № 12. – P. 1560–1567. DOI: 10.1002/ajh.26724.

Liu J., Han W., Cai X., Wang Z., Cao L. et al. Molecular genetic and clinical characterization of acute myeloid leukemia with trisomy 8 as the sole chromosome abnormality // Hematology. – 2022. – Vol. 27, № 1. – P. 565–574. DOI: 10.1080/16078454.2022.2071799.

Liu J., Han W., Cai X., Wang Z., Cao L. et al. Molecular genetic and clinical characterization of acute myeloid leukemia with trisomy 8 as the sole chromosome abnormality // Hematology. 2022;27(1):565–574. DOI: 10.1080/16078454.2022.2071799.

Hopkins W. G. A new view of statistics. – Victoria University, Melbourne (Australia), 2013. URL: http://www.sportsci.org/resource/stats/ (accessed: 10.10.23).

Hopkins W. G. A new view of statistics. Victoria University, Melbourne (Australia), 2013. URL: http://www.sportsci.org/resource/stats/ (accessed: 10.10.23).

Harrer M., Cuijpers P., Furukawa T. A., Ebert D. D. Doing meta-analysis with R: a hands-on guide (1st ed.). – New York: Chapmann & Hall/CRC, 2021. – 500 p. DOI: 10.1201/9781003107347.

Harrer M., Cuijpers P., Furukawa T. A., Ebert D. D. doing meta-analysis with R: a hands-on guide (1st ed.). New York, Chapmann & Hall/CRC, 2021:500. DOI: 10.1201/9781003107347.

Rothstein H. R., Sutton A. J., Borenstein M. Publication bias in meta-analysis (1st ed.). – New York: John Wiley & Sons, 2005. DOI: 10.1002/0470870168.

Rothstein H. R., Sutton A. J., Borenstein M. Publication bias in meta-analysis (1st ed.). New York, John Wiley & Sons, 2005. DOI: 10.1002/0470870168.

Egger M., Davey Smith G., Schneider М., Minder С. Bias in meta-analysis detected by a simple, graphical test // BMJ. – 1997. – Vol. 315, № 7109. – P. 629–634. DOI: 10.1136/bmj.315.7109.629.

Egger M., Davey Smith G., Schneider М., Minder С. Bias in meta-analysis detected by a simple, graphical test // BMJ. 1997;315(7109):629–634. DOI: 10.1136/bmj.315.7109.629.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.