uzspbgmuУчёные записки Первого Санкт-Петербургского государственного медицинского университета имени академика И. П. ПавловаThe Scientific Notes of the Pavlov University1607-41812541-8807Academician I.P. Pavlov First St. Petersburg State Medical University10.24884/1607-4181-2025-32-3-95-103uzspbgmu-1157Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ РАБОТЫORIGINAL PAPERSСтратификация рисков смерти и трансформации в острый миелоидный лейкоз у пациентов с миелодиспластическим синдромом на основе оценки патогенности мутаций в гене TP53Risk stratification for survival and transformation into acute myeloid leukemia in patients with myelodysplastic syndrome based on the pathogenicity assessment of TP53 mutationshttps://orcid.org/0000-0002-5849-1311БугД. С.BugD. S.

Буг Дмитрий Сергеевич, младший научный сотрудник НИЦ биоинформатики НОИ биомедицины

197022, Санкт-Петербург, ул. Льва Толстого, д. 6-8

Bug Dmitrii S., Junior Research Fellow, Bioinformatics Research Center of Scientific Educational Institute of Biomedicine

6-8, L’va Tolstogo str., Saint Petersburg, 197022 

bug.dmitrii@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-6715-0340ЖоголевД. К.ZhogolevD. K.

Жоголев Дмитрий Константинович, врач-гематолог НИИ ДОГиТ им. Р. М. Горбачевой

197022, Санкт-Петербург, ул. Льва Толстого, д. 6-8

Zhogolev Dmitrii K., Hematologist, R.M. Gorbacheva Research Institute of Paediatric Oncology, Haematology and Transplantology

 6-8, L’va Tolstogo str., Saint Petersburg, 197022 

dr.zhogolev@gmail.comЦвиркоК. С.TsvirkoK. S.

Цвирко Ксения Сергеевна, врач-гематолог поликлинического отделения с стационаром дневного пребывания для взрослых НИИ ДОГиТ им. Р. М. Горбачевой

197022, Санкт-Петербург, ул. Льва Толстого, д. 6-8

Tsvirko Ksenia S., Hematologist of the Polyclinic Department with Day-Care Hospital for Adults, Raisa Gorbacheva Memorial Research Institute for Pediatric Oncology, Hematology and Transplantation

6-8, L’va Tolstogo str., Saint Petersburg, 197022 

https://orcid.org/0000-0002-8401-0817ЦветковН. Ю.TsvetkovN. Yu.

Цветков Николай Юрьевич, кандидат медицинских наук, врачгематолог поликлинического отделения со стационаром дневного пребывания для взрослых НИИ ДОГиТ им. Р. М. Горбачевой

197022, Санкт-Петербург, ул. Льва Толстого, д. 6-8

Tsvetkov Nikolay Yu., Cand. of Sci. (Med.), Hematologist of the Polyclinic Department with Day-Care Hospital for Adults, Raisa Gorbacheva Memorial Research Institute for Pediatric Oncology, Hematology and Transplantation

6-8, L’va Tolstogo str., Saint Petersburg, 197022 

https://orcid.org/0000-0002-8000-3652БархатовИ. М.BarkhatovI. M.

Бархатов Ильдар Мунерович, кандидат медицинских наук, зав. ЛТиМГ НИИ ДОГиТ им. Р. М. Горбачевой

197022, Санкт-Петербург, ул. Льва Толстого, д. 6-8

Barkhatov Ildar M., Cand. of Sci. (Med.), Laboratory Head, R.M. Gorbacheva Research Institute of Paediatric Oncology, Haematology and Transplantology

6-8, L’va Tolstogo str., Saint Petersburg, 197022 

i.barkhatov@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-1489-5058НаркевичА. Н.NarkevichA. N.

Наркевич Артем Николаевич, доктор медицинских наук, доцент, профессор

454141, г. Челябинск, ул. Воровского, д. 64

Narkevich Artem N., Dr. of Sci. (Med.), Associate Professor

64, Vorovskogo str., Chelyabinsk, 454092

narkevichart@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-4282-8717ТишковА. В.TishkovA. V.

Тишков Артем Валерьевич, кандидат физико-математических наук, доцент, зав. кафедрой физики, математики и информатики

197022, Санкт-Петербург, ул. Льва Толстого, д. 6-8

Tishkov Artem V., Cand. of Sci. (Phys.-Math.), Associate Professor, Head of the Physics, Mathematics, and Informatics Department

6-8, L’va Tolstogo str., Saint Petersburg, 197022 

artem.tishkov@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-9605-485XМорозоваЕ. В.MorozovaE. V.

Морозова Елена Владиславовна, доктор медицинских наук, руководитель отдела онкологии, гематологии и трансплантологии для подростков и взрослых НИИ ДОГиТ им. Р. М. Горбачевой

197022, Санкт-Петербург, ул. Льва Толстого, д. 6-8

Morozova Elena V., Dr. of Sci. (Med.), Head of the Department of Oncology, Hematology and Transplantology for Adolescents and Adults, Raisa Gorbacheva Memorial Research Institute for Pediatric Oncology, Hematology and Transplantation

6-8, L’va Tolstogo str., Saint Petersburg, 197022 

https://orcid.org/0000-0001-6397-824XПетуховаН. В.PetukhovaN. V.

Петухова Наталья Витальевна, кандидат биологических наук, руководитель НИЦ биоинформатики НОИ биомедицины

197022, Санкт-Петербург, ул. Льва Толстого, д. 6-8

Petukhova Natalia V., Cand. of Sci. (Biol.), Head of the Bioinformatics Research Center of Scientific Educational Institute of Biomedicine

 6-8, L’va Tolstogo str., Saint Petersburg, 197022 

nvp.bioinfo@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-9589-4136КулагинА. Д.KulaginA. D.

Кулагин Александр Дмитриевич, доктор медицинский наук, профессор, проректор по научной работе, директор института НИИ ДОГиТ им. Р. М. Горбачевой

197022, Санкт-Петербург, ул. Льва Толстого, д. 6-8

Kulagin A lexander D.,  Dr. of Sci. (Med.), Professor, Vice-Rector for Research, Director R. M. Gorbacheva Research Institute of Paediatric Oncology, Haematology and Transplantology

6-8, L’va Tolstogo str., Saint Petersburg, 197022 

Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И. П. ПавловаРоссияPavlov UniversityRussian FederationЮжно-Уральский государственный медицинский университетРоссияSouth Ural State Medical UniversityRussian Federation20251612202532395103Copyright © Буг Д.С., Жоголев Д.К., Цвирко К.С., Цветков Н.Ю., Бархатов И.М., Наркевич А.Н., Тишков А.В., Морозова Е.В., Петухова Н.В., Кулагин А.Д., 20252025Буг Д.С., Жоголев Д.К., Цвирко К.С., Цветков Н.Ю., Бархатов И.М., Наркевич А.Н., Тишков А.В., Морозова Е.В., Петухова Н.В., Кулагин А.Д.Bug D.S., Zhogolev D.K., Tsvirko K.S., Tsvetkov N.Y., Barkhatov I.M., Narkevich A.N., Tishkov A.V., Morozova E.V., Petukhova N.V., Kulagin A.D.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.sci-notes.ru/jour/article/view/1157Введение

Введение. Миелодиспластические синдромы (МДС) неоднородны по своей морфологии, клиническим характеристикам, выживаемости пациентов и вероятности трансформации: наличие мутации TP53 при МДС коррелирует с более высокой категорией риска, резистентностью к терапии, быстрой трансформацией и неблагоприятным исходом. Однако в настоящее время мало внимания уделяется степени функционального дефицита поврежденного гена вследствие мутаций.

Цель – разработка системы для стратификации риска у пациентов с МДС на основе оценки патогенности мутации в гене TP53.

Методы и материалы

Методы и материалы. Ретроспективно были проанализированы результаты мутационного анализа гена TP53 2343 взрослых пациентов с МДС при отсутствии известной делеции гена TP53, полученные в ходе работы Международной рабочей группы изучения миелодиспластического синдрома в 2022 г. Дополнительно был проведен анализ результатов исследования TP53 пациентов Первого Санкт-Петербургского государственного медицинского университета им. акад. И. П. Павлова с МДС и острым миелоидным лейкозом (ОМЛ).

Результаты

Результаты. На основе ранее созданной системы классификации все пациенты были разделены на три группы: не имеющие мутации в TP53, имеющие патогенную мутацию и имеющие нейтральный генетический вариант. Были обнаружены различия в общей и безлейкозной пятилетней выживаемости между группами пациентов с МДС с патогенными и нейтральными мутациями согласно разработанной системе. Дополнительно на группе пациентов ФГБОУ ВО ПСПбГМУ им. И. П. Павлова Минздрава России была показана разница в беспрогрессивной выживаемости между группами пациентов с МДС или ОМЛ с патогенными и нейтральными вариантами согласно разработанной системе.

Выводы

Выводы. Созданная информационная система может быть использована для поддержки принятия врачебных решений в случае обнаружения неинтерпретируемых вариантов в гене TP53. Универсальность использованных подходов позволяет адаптировать систему к другим генам и нозологиям.

Introduction

Introduction. Myelodysplastic syndromes (MDS) are diverse in terms of their appearance, symptoms, survival rate, and progression risk. A TP53 mutation in a patient with MDS indicates a higher risk category, a lower chance of treatment success, a faster progression, and a poorer overall outcome. However, at present, there is insufficient focus on the degree of gene functional deficiency as a result of mutations.

The objective was to develop a system for risk stratification of patients with MDS by assessing the pathogenicity of TP53 mutations.

Methods and materials

Methods and materials. We performed a retrospective analysis of TP53 mutations discovered during the 2022 International Working Group for the study of MDS research. The study was done on 2,343 adult patients with MDS without a known deletion in the TP53 gene. Additionally, we reviewed the results of a separate study on the TP53 gene, which involved patients with MDS as well as others with acute myeloid leukemia (AML). This study was conducted at Pavlov University.

Results

Results. Based on the previously established classification algorithm, all patients were divided into three groups: those without a mutation in the TP53 gene, those with a damaging mutation according to the classification system, and those with a neutral genetic variant according to it. There were differences in overall and leukemia-free five-year survival rates between groups of patients with MDS with damaging and neutral variants according to the developed system. Furthermore, a group of patients at the Pavlov University showed a difference in progression-free survival between groups of patients with MDS or AML with damaging and neutral variants according to our classification system.

Conclusion

Conclusion. The novel information system can be used to support medical decision-making in case of detection of variants of unknown significance in the TP53 gene. The universality of the approaches used makes it possible to adapt the system to other genes and pathologies.

молекулярная патологиямутацияклиническое значениемиелодиспластический синдромоценка патогенностиmolecular pathologymutationclinical significancemyelodysplastic syndromepathogenicity evaluationИсследование выполнено на базе НИЦ биоинформатики НОИ биомедицины ФГБОУ ВО ПСПбГМУ им. И.П. Павлова Минздрава России.ReferencesGreenberg P., Cox C., LeBeau M. M. et al. International scoring system for evaluating prognosis in myelodysplastic syndromes // Blood. – 1997. – Vol. 89, № 6. – P. 2079–2088. https://doi.org/10.1182/blood.V89.6.2079.Greenberg P., Cox C., LeBeau M. M. et al. International scoring system for evaluating prognosis in myelodysplastic syndromes // Blood. 1997;89(6):2079–2088. https://doi.org/10.1182/blood.V89.6.2079.Alessandrino E. P., Della Porta M. G., Bacigalupo A. et al. WHO classification and WPSS predict posttransp lantation outcome in patients with myelodysplastic syndrome: a study from the Gruppo Italiano Trapianto di Midollo Osseo (Gitmo) // Blood. – 2008. – Vol. 112, № 3. – P. 895–902. https://doi.org/10.1182/blood-2008-03-143735.Alessandrino E. P., Della Porta M. G., Bacigalupo A. et al. WHO classification and WPSS predict posttransplantation outcome in patients with myelodysplastic syndrome: a study from the Gruppo Italiano Trapianto di Midollo Osseo (Gitmo) // Blood. 2008;112(3):895–902. https://doi.org/10.1182/blood-2008-03-143735.Greenberg P. L., Tuechler H., Schanz J. et al. Revised international prognostic scoring system for myelodysplastic syndromes // Blood. – 2012. – Vol. 120, № 12. – P. 2454– 2465. https://doi.org/10.1182/blood-2012-03-420489.Greenberg P. L., Tuechler H., Schanz J. et al. Revised international prognostic scoring system for myelodysplastic syndromes // Blood. 2012;120(12):2454–2465. https://doi.org/10.1182/blood-2012-03-420489.Daver N. G., Maiti A., Kadia T. M. et al. TP53-mutated myelodysplastic syndrome and acute myeloid leukemia: biology, current therapy, and future directions // Cancer Discov. – 2022. – Vol. 12, № 11. – P. 2516–2529. https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-22-0332.Daver N. G., Maiti A., Kadia T. M. et al. TP53-mutated myelodysplastic syndrome and acute myeloid leukemia: biology, current therapy, and future directions // Cancer Discov. 2022;12(11):2516–2529. https://doi.org/10.1158/2159-8290. CD-22-0332.Цветков Н. Ю., Морозова Е. В., Бархатов И. М. и др. Прогностическое значение результатов секвенирования нового поколения у пациентов с миелодиспластическим синдромом. Клиническая онкогематология // Фундаментальные исследования и клиническая практика. – 2025. – Т. 13, № 2. – С. 170–175. https://doi.org/10.21320/25002139-2020-13-2-170-175.Tsvetkov N. Yu., Morozova E. V., Barkhatov I. M. et al. Prognostic Value of Next-Generation Sequencing Data in Patients with Myelodysplastic Syndrome // Clinical oncohematology. 2020;13(2):170–5. (In Russ.). https://doi.org/10.21320/2500-2139-2020-13-2-170-175.Olivier M., Hollstein M., Hainaut P. TP53 mutations in human cancers: origins, consequences, and clinical use // Cold Spring Harb. Perspect. Biol. – 2010. – Vol. 2, № 1. – P. a001008. https://doi.org/10.1101/cshperspect.a001008.Olivier M., Hollstein M., Hainaut P. TP53 mutations in human cancers: origins, consequences, and clinical use // Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2010;2(1):a001008. https://doi.org/10.1101/cshperspect.a001008.Petitjean A., Achatz M. I. W., Borresen-Dale A. L. et al. TP53 mutations in human cancers: functional selection and impact on cancer prognosis and outcomes // Oncogene. – 2007. – Vol. 26, № 15. – P. 2157–2165. https://doi.org/10.1038/sj.onc.1210302.Petitjean A., Achatz M. I. W., Borresen-Dale A. L. et al. TP53 mutations in human cancers: functional selection and impact on cancer prognosis and outcomes // Oncogene. 2007;26(15):2157–2165. https://doi.org/10.1038/sj.onc.1210302.Буг Д. С., Наркевич А. Н., Тишков А. В., Петухова Н. В. Алгоритм оценки патогенности мутаций при опухолях на основе ретроспективного исследования патогенных и нейтральных генетических вариантов // Сибирский журнал клинической и экспериментальной медицины. – 2025. – Т. 40, № 1. – С. 226–234. https://doi.org/10.29001/2073-8552-2025-40-1-226-234.Bug D. S., Narkevich A. N., Tishkov A. V., Petukhova N. V. An algorithm for assessing the pathogenicity of genetic mutations in tumor based on a retrospective study of pathogenic and neutral genetic variants // Siberian Journal of Clinical and Experimental Medicine. 2025;40(1):226–234. (In Russ.). https://doi.org/10.29001/2073-8552-2025-40-1226-234.Ghosh R., Oak N., Plon S. E. Evaluation of in silico algorithms for use with ACMG/AMP clinical variant interpretation guidelines // Genome Biol. – 2017. – Vol. 18, № 1. – P. 225. https://doi.org/10.1186/s13059-017-1353-5.Ghosh R., Oak N., Plon S. E. Evaluation of in silico algorithms for use with ACMG/AMP clinical variant interpretation guidelines // Genome Biol. 2017;18(1):225. https://doi.org/10.1186/s13059-017-1353-5.Gunning A. C., Fryer V., Fasham J. et al. Assessing performance of pathogenicity predictors using clinically relevant variant datasets // J Med Genet. – 2021. – Vol. 58, № 8. – P. 547–555. https://doi.org/10.1136/jmedgenet-2020-107003.Gunning A. C., Fryer V., Fasham J. et al. Assessing performance of pathogenicity predictors using clinically relevant variant datasets // J Med Genet. 2021;58(8):547–555. https://doi.org/10.1136/jmedgenet-2020-107003.Bernard E., Tuechler H., Greenberg P. L. et al. Molecular international prognostic scoring system for myelodysplastic syndromes // NEJM Evidence. – 2022. – Vol. 1, № 7. – P. EVIDoa2200008. https://doi.org/10.1056/EVIDoa2200008.Bernard E., Tuechler H., Greenberg P. L. et al. Molecular international prognostic scoring system for myelodysplastic syndromes // NEJM Evidence. 2022;1(7):EVIDoa2200008. https://doi.org/10.1056/EVIDoa2200008.Li M. M., Datto M., Duncavage E. J. et al. Standards and guidelines for the interpretation and reporting of sequence variants in cancer // J Mol Diagn. – 2017. – Vol. 89, № 8. – P. E121–124. https://doi.org/10.1016/j.jmoldx.2016.10.002.Li M. M., Datto M., Duncavage E. J. et al. Standards and guidelines for the interpretation and reporting of sequence variants in cancer // J Mol Diagn. 2017;89(8):E121–124. https://doi.org/10.1016/j.jmoldx.2016.10.002.Tefferi A., Wassie E. A., Guglielmelli P. et al. Type 1 versus Type 2 calreticulin mutations in essential thrombocythemia: A collaborative study of 1027 patients // Am J Hematol. – 2014. – Vol. 19, № 1. – P. 4–23. https://doi.org/10.1002/ajh.23743.Tefferi A., Wassie E. A., Guglielmelli P. et al. Type 1 versus Type 2 calreticulin mutations in essential thrombocythemia: A collaborative study of 1027 patients // Am J Hematol. 2014;19(1):4–https://doi.org/10.1002/ajh. 23743.Kennedy M. C., Lowe S. W. Mutant p53: it’s not all one and the same // Cell Death Differ. – 2022. – Vol. 29, № 5. – P. 983–987. https://doi.org/10.1038/s41418-022-00989-y.Kennedy M. C., Lowe S. W. Mutant p53: it’s not all one and the same // Cell Death Differ. 2022;29(5):983–987. https://doi.org/10.1038/s41418-022-00989-y.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.