uzspbgmuУчёные записки Первого Санкт-Петербургского государственного медицинского университета имени академика И. П. ПавловаThe Scientific Notes of the Pavlov University1607-41812541-8807Academician I.P. Pavlov First St. Petersburg State Medical University10.24884/1607-4181-2024-31-4-19-26uzspbgmu-1111Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ РАБОТЫORIGINAL PAPERSХарактеристика микробиома верхних дыхательных путей больных острыми респираторными инфекциями по данным секвенирования гена 16S рРНКCharacterization of the upper respiratory tract microbiome of patients with acute respiratory infections by 16S rRNA sequencinghttps://orcid.org/0000-0002-3495-4393ИвановаА. А.IvanovaA. A.

Иванова Анна Андреевна, младший научный сотрудник лаборатории молекулярной вирусологии

197022, Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, д.15/17

Ivanova Anna A., Junior Research Fellow of the Laboratory of Molecular Virology

15/17, Prof. Popova str., Saint-Petersburg, 197022

anna_e_svobodniy@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-5961-1856ПередерийА. А.PerederiyA. A.

Передерий Александр Александрович, лаборант-исследователь лаборатории молекулярной вирусологии

197022, Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, д.15/17

Perederiy Alexander A., Laboratory Research Fellow of the Laboratory of Molecular Virology,

15/17, Prof. Popova str., Saint-Petersburg, 197022

gilagalex@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0001-8957-1835ПопенкоА. С.PopenkoA. S.

Попенко Анна Сергеевна, кандидат биологический наук

Санкт-Петербург

Popenko Anna S., Cand. of Sci. (Biol.)

Saint Petersburg

popenko@nobiastech.comhttps://orcid.org/0000-0003-2769-4586ВеневЕ. В.VenevE. V.

Венев Евгений Валерьевич, врач-инфекционист

195067, Санкт-Петербург, Пискаревский пр., д. 49

Venev Evgeniy V., Infectious Disease Physician

49, Piskarevsky ave., Saint Petersburg, 195067

evgenyvenev@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0003-3558-3261ФадеевА. В.FadeevA. V.

Фадеев Артем Викторович, старший научный сотрудник лаборатории молекулярной вирусологии

197022, Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, д.15/17

Fadeev Artem V., Senior Research Fellow of the Laboratory of Molecular Virology

15/17, Prof. Popova str., Saint-Petersburg, 197022

afadeew@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0001-9202-3231ГусевД. А.GusevD. A.

Гусев Денис Александрович, доктор медицинских наук, профессор, главный врач

195067, Санкт-Петербург, Пискаревский пр., д. 49

Gusev Denis A., Dr. of Sci. (Med.), Professor, Chief Physician

49, Piskarevsky ave., Saint Petersburg, 195067

gusevden-70@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-6174-0836ДаниленкоД. М.DanilenkoD. M.

Даниленко Дарья Михайловна, кандидат биологический наук, заместитель директора по научной работе, руководитель отдела этиологии и эпидемиологии

197022, Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, д.15/17

Danilenko Daria M., Cand. of Sci. (Biol.), Deputy Director for Scientific Work, Head of the Department of Etiology and Epidemiology

15/17, Prof. Popova str., Saint-Petersburg, 197022

daria.danilenko@influenza.spb.ruhttps://orcid.org/0000-0003-1733-1255КомиссаровА. Б.KomissarovA. B.

Комиссаров Андрей Борисович, зав. лабораторией молекулярной вирусологии

197022, Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, д.15/17

Komissarov Andrey B., Head of the Laboratory of Molecular Virology

15/17, Prof. Popova str., Saint-Petersburg, 197022

andrey.komissarov@influenza.spb.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3643-7354ЛиозновД. А.LioznovD. A.

Лиознов Дмитрий Анатольевич, доктор медицинских наук, профессор, зав. кафедрой инфекционных болезней и эпидемиологии; директор

197022, Санкт-Петербург, ул. Льва Толстого, д. 6-8

197022, Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, д.15/17

Lioznov Dmitry A., Dr. of Sci. (Med.), Professor, Head of the Department of Infectious Diseases and Epidemiology; Director

6-8, L’va Tolstogo str., Saint Petersburg, 197022

15/17, Prof. Popova str., Saint-Petersburg, 197022

office@influenza.spb.ruНаучно-исследовательский институт гриппа имени А. А. СмородинцеваРоссияSmorodintsev Research Institute of InfluenzaRussian FederationНезависимый исследовательРоссияIndependent ResearcherRussian FederationКлиническая инфекционная больница им. С. П. БоткинаРоссияBotkin Clinical Hospital for Infectious DiseasesRussian FederationПервый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И. П. Павлова; Научно-исследовательский институт гриппа имени А. А. СмородинцеваРоссияPavlov University; Smorodintsev Research Institute of InfluenzaRussian Federation2024251120243141926Copyright © Иванова А.А., Передерий А.А., Попенко А.С., Венев Е.В., Фадеев А.В., Гусев Д.А., Даниленко Д.М., Комиссаров А.Б., Лиознов Д.А., 20252025Иванова А.А., Передерий А.А., Попенко А.С., Венев Е.В., Фадеев А.В., Гусев Д.А., Даниленко Д.М., Комиссаров А.Б., Лиознов Д.А.Ivanova A.A., Perederiy A.A., Popenko A.S., Venev E.V., Fadeev A.V., Gusev D.A., Danilenko D.M., Komissarov A.B., Lioznov D.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.sci-notes.ru/jour/article/view/1111Введение

Введение. Острые респираторные инфекции (ОРИ) являются одной из основных причин заболеваемости и смертности от инфекционных заболеваний в мире. Респираторные инфекции могут быть вызваны патогенами различной природы: вирусами, бактериями, микоплазмами и др. Быстрая и точная идентификация в биологических образцах патогенов, таких как бактерии является важной задачей, для которой используется секвенирование гена 16S рРНК с применением платформ нового поколения.

Цель – сравнительный анализ качественных характеристик микробиома ротоглотки здоровых добровольцев и больных ОРИ неустановленной этиологии по данным секвенирования гена 16S рРНК.

Методы и материалы

Методы и материалы. Получены и проанализированы данные секвенирования MiSeq Illumina региона V3–V4 16S рРНК мазков из ротоглотки госпитализированных пациентов с симптомами ОРИ и здоровых пациентов.

Результаты

Результаты. Был проведен анализ данных секвенирования области V3–V4 16S рРНК у 116 госпитализированных пациентов с симптомами ОРИ и 81 здорового пациента. У пациентов с ОРИ наблюдалось более высокое содержание условно-патогенной микрофлоры, в частности Staphylococcus, Ralstonia, Aeribacillus, Acinetobacter baumannii, Methylobacterium-Methylorubrum, Rhodococcus equi. В контрольных образцах преобладала нормальная комменсальная микробиота дыхательных путей, такая как Neisseria, Prevotella, Fusobacterium, Veilonella.

Выводы

Выводы. В образцах микробиоты госпитализированных пациентов с ОРИ обнаружено преобладание оппортунистической и потенциально патогенной микробиоты, в то время как у здоровых добровольцев преобладают нормальные представители микробиоты дыхательных путей. Для более детального анализа необходимы данные о видовом составе микробиоты, которые можно получить при секвенировании полной последовательности гена 16S рРНК.

Introduction

Introduction. Acute respiratory infections (ARI) are one of the main causes of morbidity and mortality from infectious diseases in the world. Respiratory infections can be caused by pathogens of various etiologies: viruses, bacteria, mycoplasmas, etc. Rapid and accurate identification of pathogens, such as bacteria, in biological samples is an important task, for which 16S rRNA gene sequencing using new generation platforms is used.

The objective was a comparative analysis of the qualitative characteristics of the oropharyngeal microbiome of healthy volunteers and patients with ARI of unknown etiology based on the 16S rRNA gene sequencing.

Methods and materials

Methods and materials. Using V3–V4 region of 16S rRNA Illumina MiSeq sequences from oropharyngeal swabs, we analyzed the microbiome of hospitalized patients with ARI symptoms and healthy patients.

Results

Results. In this study, we conducted V3–V4 region of 16S rRNA sequencing analyses of the oropharyngeal samples from 116 hospitalized patients with ARI symptoms and 81 healthy patients. Patients with ARI exhibited higher abundance of opportunistic pathogens, particularly Staphylococcus, Ralstonia, Aeribacillus, Acinetobacter baumannii, Methylobacterium-Methylorubrum, Rhodococcus equi. In the control samples, normal commensal respiratory tract microbiota, such as Neisseria, Prevotella, Fusobacterium, Veilonella was dominated.

Conclusions

Conclusions. The microbiota samples of hospitalized patients with ARI showed a predominance of opportunistic and potentially pathogenic microbiota, while normal representatives of the respiratory tract microbiota predominate in healthy volunteers. For a more detailed analysis, data on the species composition of the microbiota is required, which can be obtained by sequencing the complete sequence of the 16S rRNA gene.

острые респираторные инфекции (ОРИ)микробиом16S секвенированиеacute respiratory infection (ARI)microbiome16S sequencingИсследование выполнено в рамках государственного задания «Комплексный подход для генетической характеристики и ранней идентификации патогенов с эпидемическим и пандемическим потенциалом на основе метагеномного секвенирования», код темы: TVKQ-2024-0003.The study was carried out as a part of the state task «An integrated approach for the genetic characterization and early identification of pathogens with epidemic and pandemic potential based on metagenomic sequencing», code: TVKQ2024-0003.ReferencesKurskaya O. G., Prokopyeva E. A., Sobolev I. A. et al. Changes in the Etiology of Acute Respiratory Infections among Children in Novosibirsk, Russia, between 2019 and 2022: The Impact of the SARS-CoV-2 Virus // Viruses. ‒ 2023. ‒ Vol. 15, № 4. ‒ P. 934. https://doi.org/10.3390/v15040934.Kurskaya O. G., Prokopyeva E. A., Sobolev I. A. et al. Changes in the Etiology of Acute Respiratory Infections among Children in Novosibirsk, Russia, between 2019 and 2022: The Impact of the SARS-CoV-2 Virus // Viruses. 2023;15(4):934. https://doi.org/10.3390/v15040934.Бурцева Е. И., Колобухина Л. В., Воронина О. Л. и др. Особенности циркуляции возбудителей ОРВИ на фоне появления и широкого распространения SARSCoV-2 в 2018–2021 годы // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. ‒ 2022. ‒ Т. 21, № 4. ‒ С. 16‒26. https://doi.org/10.31631/2073-3046-2022-21-4-16-26.Burtseva E. I., Kolobukhina L. V., Voronina O. L. et al. Features of the Circulation of ARVI Pathogens During of Emergence and Widespread of SARS-CoV-2 in the 2018–2021 // Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2022;21(4):16‒26. (In Russ.). https://doi.org/10.31631/2073-3046-2022-21-4-16-26.Соминина А. А., Даниленко Д. М., Столяров К. А. и др. Интерференция SARS-CoV-2 с другими возбудителями респираторных вирусных инфекций в период пандемии // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. ‒ 2021.‒ Т. 20, № 4. ‒ С. 28‒39. https.://doi.org/10.31631/2073-3046-2021-20-4-28-39.Sominina A. A., Danilenko D. M., Stolyarov K. A. et al. Interference of SARS-CoV-2 with other Respiratory Viral Infections agents during Pandemic // Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2021;20(4):28‒39. (In Russ.). https://doi.org/10.31631/2073-3046-2021-20-4-28-39.Huang X. B., Yuan L., Ye C. X. et al. Epidemiological characteristics of respiratory viruses in patients with acute respiratory infections during 2009-2018 in Southern China // Int J Infect Dis. ‒ 2020. ‒ Vol. 98. ‒ P. 21‒32. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.06.051.Huang X. B., Yuan L., Ye C. X. et al. Epidemiological characteristics of respiratory viruses in patients with acute respiratory infections during 2009-2018 in Southern China // Int J Infect Dis. 2020;98:21‒32. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.06.051.Sanz I., Perez D., Rojo S. et al. Coinfections of influenza and other respiratory viruses are associated to children // An Pediatr (Engl Ed.). ‒ 2022. ‒ Vol. 96, № 4. ‒ P. 334‒341. https://doi.org/10.1016/j.anpede.2021.03.002. PMID: 35609953.Sanz I., Perez D., Rojo S. et al. Coinfections of influenza and other respiratory viruses are associated to children // An Pediatr (Engl Ed). 2022;96(4):334‒341. https://doi.org/10.1016/j.anpede.2021.03.002. PMID: 35609953.Milucky J. L., Compaore T., Obulbiga F. et al. Estimating the catchment population and incidence of severe acute respiratory infections in a district hospital in Boussé, Burkina Faso // J Glob Health. ‒ 2020. ‒ Vol. 10, № 1. ‒ P. 010422. https://doi.org/10.7189/jogh.10.010422.Milucky J. L., Compaore T., Obulbiga F. et al. Estimating the catchment population and incidence of severe acute respiratory infections in a district hospital in Boussé, Burkina Faso // J Glob Health. 2020;10(1):010422. https://doi.org/10.7189/jogh.10.010422.Simner P. J., Miller S., Carroll K. C. Understanding the Promises and Hurdles of Metagenomic Next-Generation Sequencing as a Diagnostic Tool for Infectious Diseases // Clin Infect Dis. ‒ 2018. ‒ Vol. 10. ‒ Vol. 66, № 5. ‒ P. 778‒788. https://doi.org/10.1093/cid/cix881.Simner P.J., Miller S., Carroll K. C. Understanding the Promises and Hurdles of Metagenomic Next-Generation Sequencing as a Diagnostic Tool for Infectious Diseases // Clin Infect Dis. 2018;10;66(5):778‒788. https://doi.org/10.1093/cid/cix881.Datta S., Budhauliya R., Das B. et al. Next-generation sequencing in clinical virology: Discovery of new viruses // World J Virol. ‒ 2015. ‒ Vol. 4, № 3. ‒ P. 265‒76. https://doi.org/10.5501/wjv.v4.i3.265.Datta S., Budhauliya R., Das B. et al. Next-generation sequencing in clinical virology: Discovery of new viruses // World J Virol. 2015;4(3):265‒76. https://doi.org/10.5501/wjv.v4.i3.265.Clarridge J. E. 3rd. Impact of 16S rRNA gene sequence analysis for identification of bacteria on clinical microbiology and infectious diseases // Clin Microbiol Rev. ‒ 2004. ‒ Vol. 17, № 4. ‒ P. 840‒62. https://doi.org/10.1128/CMR.17.4.840-862.2004.Clarridge J. E. 3rd. Impact of 16S rRNA gene sequence analysis for identification of bacteria on clinical microbiology and infectious diseases // Clin Microbiol Rev. 2004;17(4):840‒62. https://doi.org/10.1128/CMR.17.4.840-862.2004.Мохов А. С., Азаров Д. В., Колоджиева В. В. и др. Особенности структуры микробиома верхних дыхательных путей амбулаторных и госпитализированных пациентов с новой коронавирусной инфекцией // Профилактическая и клиническая медицина. ‒ 2022. ‒ Т. 3, № 84. ‒ С. 51–56. https://doi.org/10.47843/2074-9120_2022_3_51.Mokhov A. S., Azarov D. V., Kolodzhieva V. V. et al. Features of the microbiome structure of the upper respiratory tract of outpatient and patients with a new coronavirus infection // Preventive and Clinical Medicine. 2022;3(84)51–56. (In Russ.). https://doi.org/10.47843/2074-9120_2022_3_51.Low L., Fuentes-Utrilla P., Hodson J. et al. Evaluation of full-length nanopore 16S sequencing for detection of pathogens in microbial keratitis // PeerJ. ‒ 2021. ‒ Vol. 9. ‒ P. e10778. https://doi.org/10.7717/peerj.10778.Low L., Fuentes-Utrilla P., Hodson J. et al. Evaluation of full-length nanopore 16S sequencing for detection of pathogens in microbial keratitis // PeerJ. 2021;9:e10778. https://doi.org/10.7717/peerj.10778.16S Metagenomic Sequencing Library Preparation. URL: https://support.illumina.com/documents/documentation/chemistry_documentation/16s/16s-metagenomic-library-prep-guide-15044223-b.pdf/ accessed 01.10.2024).16S Metagenomic Sequencing Library Preparation. URL: https://support.illumina.com/documents/documentation/chemistry_documentation/16s/16s-metagenomic-library-prep-guide-15044223-b.pdf (accessed 01.10.2024).Bolyen E., Rideout J. R., Dillon M. R. et al. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2 // Nat Biotechnol. – 2019. ‒ Vol. 37, № 8. ‒ P. 852‒857. https://doi.org/10.1038/s41587-019-0209-9.Bolyen E., Rideout J. R., Dillon M. R. et al. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2 // Nat Biotechnol. 2019;37(8):852‒857. https://doi.org/10.1038/s41587-019-0209-9.Shannon C. E. A mathematical theory of communication // The Bell System Technical Journal. ‒ 1948. ‒ Vol. 27, № 3. ‒ P. 379‒423. https://doi.org/10.1002/j.1538-7305.1948.tb01338.x.Shannon C. E. A mathematical theory of communication // The Bell System Technical Journal. 1948;27(3):379‒423. https://doi.org/10.1002/j.1538-7305.1948.tb01338.x.Chao A. Nonparametric Estimation of the Number of Classes in a Population // Scandinavian Journal of Statistics. ‒ 1984. ‒ Vol. 11, № 4. ‒ P. 265–70.Chao A. Nonparametric Estimation of the Number of Classes in a Population // Scandinavian Journal of Statistics. 1984;11(4):265–70.Segata N., Izard J., Waldron L. et al. Metagenomic biomarker discovery and explanation // Genome Biol. ‒ 2011. ‒ Vol. 12, №6. ‒ P. R60. https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-6-r60.Segata N., Izard J., Waldron L. et al. Metagenomic biomarker discovery and explanation // Genome Biol. 2011;12(6):R60. https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-6-r60.Anderson M. J. Permutational Multivariate Analysis of Variance (PERMANOVA) // Wiley StatsRef: Statistics Reference Online. ‒ 2017. ‒ P. 1–15. https://doi.org/10.1002/9781118445112.stat07841.Anderson M. J. Permutational Multivariate Analysis of Variance (PERMANOVA) // Wiley StatsRef: Statistics Reference Online. 2017;1–15. https://doi.org/10.1002/9781118445112.stat07841.Odintsova V. E., Klimenko N., Tyakht A. V. Note on the Difference between the Principal Balance Analysis with NearestBalance and Constrained Methods // mSystems. ‒ 2023. ‒ Vol. 8, № 2. ‒ P. e0016423. https://doi.org/10.1128/msystems.00164-23.Odintsova V. E., Klimenko N., Tyakht A. V. Note on the Difference between the Principal Balance Analysis with NearestBalance and Constrained Methods // mSystems. 2023;8(2):e0016423. https://doi.org/10.1128/msystems.00164-23.R Core Team. R.: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria, 2021. URL: https://www.R-project.org/ (accessed 01.10.2024).R Core Team. R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria, 2021. URL: https://www.R-project.org/ (accessed 01.10.2024).Лопатин А.С., Азизов И.С., Козлов Р.С. Микробиом полости носа и околоносовых пазух в норме и при патологии. Часть I// Российская ринология. ‒ 2021. ‒ Т. 29, № 1. ‒ С. 23‒30. https://doi.org/10.17116/rosrino20212901123.Lopatin A. S., Azizov I. S., Kozlov R. S. Microbiome of the nasal cavity and the paranasal sinuses in health and disease (literature review). Part I // Russian Rhinology. 2021;29(1):23‒30. (In Russ.). https://doi.org/10.17116/rosrino20212901123.De Boeck I., Wittouck S., Wuyts S. et al. Comparing the Healthy Nose and Nasopharynx Microbiota Reveals Continuity As Well As Niche-Specificity // Front Microbiol. ‒ 2017. ‒ Vol. 8. ‒ P. 2372. https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.02372.De Boeck I., Wittouck S., Wuyts S. et al. Comparing the Healthy Nose and Nasopharynx Microbiota Reveals Continuity As Well As Niche-Specificity // Front Microbiol. 2017;8:2372. https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.02372.Natalini J. G., Singh S., Segal L. N. The dynamic lung microbiome in health and disease // Nat Rev Microbiol. ‒ 2023. ‒ Vol. 21. ‒ P. 222–235. https://doi.org/10.1038/s41579-022-00821-x.Natalini J. G., Singh S., Segal L. N. The dynamic lung microbiome in health and disease // Nat Rev Microbiol. 2023;21:222–235. https://doi.org/10.1038/s41579-022-00821-x.Li R., Li J., Zhou X. Lung microbiome: new insights into the pathogenesis of respiratory diseases // Signal Transduct Target Ther. ‒ 2024. ‒ Vol. 9, № 1. ‒ P. 19. https://doi.org/10.1038/s41392-023-01722-y.Li R., Li J., Zhou X. Lung microbiome: new insights into the pathogenesis of respiratory diseases // Signal Transduct Target Ther. 2024;9(1):19. https://doi.org/10.1038/s41392-023-01722-y.Türkmen Recen Ö., Gazi H., Bayturan Şen S. et al. SARS-CoV-2 Pandemisinin İlerleyen Dönemlerinde Akut Solunum Yolu Enfeksiyonu ile Başvuran Çocuklarda Viral Patojenlerin Mevsimsel Eğilimleri ve Etkileşimleri [Seasonal Trends and Interactions of Viral Pathogens in Children Presenting with Acute Respiratory Tract Infections in the Advancing Periods of SARS-CoV-2 Pandemic] // Mikrobiyol Bul. ‒ 2023. ‒ Vol. 57, № 4. ‒ P. 580‒596. Turkish. https://doi.org/10.5578/mb.20239947.Türkmen Recen Ö., Gazi H., Bayturan Şen S. et al. SARS-CoV-2 Pandemisinin İlerleyen Dönemlerinde Akut Solunum Yolu Enfeksiyonu ile Başvuran Çocuklarda Viral Patojenlerin Mevsimsel Eğilimleri ve Etkileşimleri [Seasonal Trends and Interactions of Viral Pathogens in Children Presenting with Acute Respiratory Tract Infections in the Advancing Periods of SARSCoV-2 Pandemic]// Mikrobiyol Bul. 2023;57(4):580‒596. Turkish. https://doi.org/10.5578/mb.20239947.Костинов М. П., Мещерякова А. К., Фошина Е. П. и др. Клиническое течение острой респираторной инфекции и состояние микробиоценоза верхних дыхательных путей у беременных // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. ‒ 2012. ‒ Т. 5. ‒ С. 12‒16.Kostinov M. P., Meshcheriakova A. K., Foshina E. P. et al. Clinical course of acute respiratory infection and the state of microbiocenosis of upper respiratory tract in pregnant women // Zh Mikrobiol Epidemiol Immunobiol. 2012; (5):12‒6. (In Russ.).Campos M., Cickovski T., Fernandez M. et al. Lower respiratory tract microbiome composition and community interactions in smokers// Access Microbiol. ‒ 2023. ‒ Vol. 5, №3. ‒ P. acmi000497.v3. https://doi.org/10.1099/acmi.0.000497.v3.Campos M., Cickovski T., Fernandez M. et al. Lower respiratory tract microbiome composition and community interactions in smokers // Access Microbiol. 2023;5(3):acmi000497.v3. https://doi.org/10.1099/acmi.0.000497.v3.Yoon J. G., Lim S., Hyun H. J. et al. Respiratory microbiome and clinical course of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii pneumonia in critically Ill patients // Medicine (Baltimore). ‒ 2024. ‒ Vol. 103, № 31. ‒ P. e38988. https://doi.org/10.1097/MD.0000000000038988.Yoon J. G., Lim S., Hyun H. J. et al. Respiratory microbiome and clinical course of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii pneumonia in critically Ill patients // Medicine (Baltimore). 2024;103(31):e38988. https://doi.org/10.1097/MD.0000000000038988.Xiao T., Guo Q., Zhou Y. et al. Comparative Respiratory Tract Microbiome Between Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii Colonization and Ventilator Associated Pneumonia // Front Microbiol. ‒ 2022. ‒ Vol. 13. ‒ P. 782210. https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.782210.Xiao T., Guo Q., Zhou Y. et al. Comparative Respiratory Tract Microbiome Between Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii Colonization and Ventilator Associated Pneumonia // Front Microbiol. 2022;13:782210. https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.782210.Xie L., Chen L., Li X. et al. Analysis of Lung Microbiome in COVID-19 Patients during Time of Hospitalization // Pathogens. ‒ 2023. ‒ Vol. 12, № 7. ‒ P. 944. https://doi.org/10.3390/pathogens12070944.Xie L., Chen L., Li X. et al. Analysis of Lung Microbiome in COVID-19 Patients during Time of Hospitalization // Pathogens. 2023;12(7):944. https://doi.org/10.3390/pathogens12070944.Xia X., Chen J., Cheng Y. et al. Comparative analysis of the lung microbiota in patients with respiratory infections, tuberculosis, and lung cancer: A preliminary study // Front Cell Infect Microbiol. ‒ 2022. ‒ Vol. 12. ‒ P. 1024867. https://doi.org/10.3389/fcimb.2022.1024867.Xia X., Chen J., Cheng Y. et al. Comparative analysis of the lung microbiota in patients with respiratory infections, tuberculosis, and lung cancer: A preliminary study // Front Cell Infect Microbiol. 2022;12:1024867. https://doi.org/10.3389/fcimb.2022.1024867.Lin W. V., Kruse R. L., Yang K. et al. Diagnosis and management of pulmonary infection due to Rhodococcus equi // Clin Microbiol Infect. 2019. ‒ Vol. 25, № 3. ‒ P. 310‒315. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2018.04.033.Lin W. V., Kruse R. L., Yang K. et al. Diagnosis and management of pulmonary infection due to Rhodococcus equi // Clin Microbiol Infect. 2019;25(3):310‒315. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2018.04.033.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.